嘉兴市文物保护与考古研究所位于环城西路1号，隶属嘉兴市文化广电新闻出版局（嘉兴市文物局)，系纯公益性事业单位。主要职能是负责嘉兴市本级（含南湖区、秀洲区、经济开发区）地面不可移动文物的保护、各级文保单位“四有”工作、安全巡查、维修项目监管、协调执法等。

    1990年6月30日，嘉兴市文物保护所成立，与市文物管理处两块牌子，一套班子，编制人员7名。1996年10月25日，与嘉兴市文物管理处分设，单独建制，编制人员4名，所址揽秀园内，直管范蠡湖、沈曾植故居和揽秀园三处。2001年，沈曾植故居进行落架大修、陈列布展后，迁址沈曾植故居内。2005年，迁址范蠡湖内。2003年，为统一南湖名胜区的建设和管理，揽秀园由嘉兴市文物保护所移交给嘉兴市城市投资发展有限公司负责管理。2004年4月16日，对金九避难处（韩国临时政府要员住址）进行落架大修，2006年5月27日，正式对外开放。2006年9月，嘉兴市文物保护所对朱生豪故居进行修缮和陈列布展，2007年11月，正式对外开放。目前，嘉兴市文物保护所下设范蠡湖管理所、沈曾植故居管理所、金九避难处（韩国临时政府要员旧址）管理所、朱生豪故居管理所，在编人员10名，其中，专业技术人员9人，有副研究馆员1名、馆员7名、助理馆员1名。

    1996年至2010年，嘉兴市文物保护所在文物保护基础工作方面取得显著成果。各级文保单位“四有”工作方面，完成了国家级、省级11处文保单位的“四有”记录档案编制工作，并通过国家、省级验收，完成市级67处文保单位“四有”记录档案初稿编制工作。1992、2000年分别对部分文保单位树立保护标志牌，2010年，统一对市本级78处文保单位、141处文物保护点保护标志牌进行更新。2010年，完成市本级78处文保单位的保护范围和建设控制地带划定工作，并获嘉兴市政府通过。文物古建维修监管方面，分别对省级文保单位曝书亭、金九避难处、长虹桥、双魁巷、天主堂（神父楼）等，市级文保单位和文物保护点落帆亭、汪胡桢旧居、范蠡湖、朱生豪故居、明伦堂、冷仙亭、沈曾植旧居  项氏墓、大中桥、柏家民居、国界桥、宏文馆、闻店桥沈曾植墓、老财政局办公室等多处进行维修保养和监管协调工作。并先后赴北京、南京、上海、重庆等地征集文物史料和旧家具，对朱生豪故居、沈曾植故居、金九避难处、韩国临时政府要员旧址、褚辅成史料陈列室、龚宝铨故居进行陈列布展。2006年至2007年，负责开展嘉兴历史文化遗产登录工作。2007年至2010年，提供和编写嘉兴历史文化遗产多个项目，并积极参与嘉兴申报国家级历史文化名城工作，2010年，嘉兴成功升格为国家级历史文化名城，嘉兴市文物保护所获中共嘉兴市委、嘉兴市人民政府颁发“嘉兴市申报国家历史文化名城先进集体”称号。2007年至2011年，负责开展嘉兴市本级第三次全国文物普查工作，获浙江省第三次全国文物普查领导小组颁发“浙江省第三次全国文物普查先进集体”称号、嘉兴市人民政府颁发“嘉兴市第三次全国文物普查先进集体”称号。2008年-2014年，参与京杭大运河申遗工作。2014年，中国大运河成功申报世界文化遗产。